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Kurzfassung

Die Repräsentation und Codierung von genomischen Annotationen wird derzeit von ISO/IEC JTC 1/SC 29/WG 8 (MPEG-G) standardisiert. Die vorliegende Erfindung wurde in den Standardisierungsprozess eingebracht und betrifft ein Verfahren zum optimierten Komprimieren von Genomdaten.

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Hintergrund

Bekannte Verfahren, Vorrichtungen zum Komprimieren und Dekomprimieren sowie Übertragen von Genominformationen bzw. -daten nutzen unterschiedliche Kompressionsmethoden, um eine entsprechende Datenmenge zu reduzieren. Wird ein jeweiliges Kompressionsverfahren isoliert angewandt, so bietet sich lediglich der Vorteil des Kompressionsverfahrens selbst. Entsprechende Effekte von Kombinationen von Kompressionsverfahren bleiben häufig ungenutzt.

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Bilder & Videos

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Lösung

Das Verfahren zum optimierten Komprimieren von Genomdaten, welche als jeweilige Dateninformationen in Zellen einer Datenmatrix vorliegen und die Zellen in Datengruppen entlang mehrerer Dimensionen der Datenmatrix angeordnet sind, enthält folgende Schritte: • Transformieren der Datenmatrix, welches mit einem Sortieren der Dateninformationen einhergeht • Komprimieren der sortierten Datenmatrix (beispielsweise entweder mittels Entropiecodierung oder Jbig-Komprimierung, LZMA, BSC- und/oder BZip-Komprimierung) Um die komprimiert sortierten Dateninformationen zu dekomprimieren, werden folgende Schritte durchgeführt: • Dekomprimieren der komprimierten Datenmatrix • Rücktransformieren der dekomprimierten Datenmatrix (das Rücksortieren der Dateninformationen erfolgt invers zur Sortiervorschrift)

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Vorteile

• Mit der erfindungsgemäßen Technologie können genomische Daten codiert und decodiert werden